Картите са вторият компонент на проекта 39 КЛЮЧА и са общо 355. Всяка книга от поредицата съдържа в себе си по 6 карти. Останалите ще могат да бъдат събрани от отделните пакети с карти. Картите осигуряват изключително важни насоки в откриването на ключове. Някои от тях дори са ключове. Първият пакет карти е свързан с първите три книги от поредицата 39 КЛЮЧА и съдържа уникална комбинация от 16 случайно подбрани карти от общо 55. Във всеки пакет има поне една рядка или суперрядка карта. Веднъж взел картата в ръка читателят я прибавя към онлайн колекцията си в сайта www.the39clues.com, като за целта трябва да въведе идентификационния й код. След което на екрана се появява дигитализираната й версия. Като се кликне върху дигитализираната карта, ще се отвори страница с важна информация, загадка, игра или дори ключ. На всяка карта са посочени: номерът пакет, от който е; степента на трудност на картата; уникален за всяка карта идентификационен код, с който да добавите картата към онлайн колекцията си; колко рядка е картата; гербът на клана от рода Кахил, към който се отнася тя; типът и поредният й номер. Всяка карта може да бъде въведена в галерията само на един участник.